杜兆才在中国足球协会的领导期间面临了诸多挑战和问题。他在2017年成为足协党委书记后，着手进行机构部门改革，将相关部门扩编到30个。这一改革被标榜为扁平化、精细化、专业化和科学化，并新增了200多个就业岗位。

然而，扩编部门的目的是否真正高效，以及杜兆才是否牵涉买官卖官行为，仍值得深究。此外，他主导的许多项目也未能圆满完成，例如处理超过16亿的引援调节费、推行归化政策和承办亚洲杯等。

归化政策在中国足球界引发了混乱和问题。无序的归化过程，以及陈戌源对该政策的不支持和国家队主帅李铁对归化球员使用的犹豫，使归化政策的效果大打折扣。最终，归化政策流产，没有新的归化球员出现。

随后，杜兆才将工作重心转向亚洲杯和世俱杯，特批成立了亚洲杯组委会，拥有绝对控制权。然而，由于各种原因，这两项赛事被取消，导致中国足球在亚足联和FIFA的话语权减少。

2023年1月，杜兆才希望通过媒体造势来为自己连任亚足联执委争取更多选票，但最终落选。两个月后，他本人面临审查调查。

在杜兆才担任国际足联理事会理事期间，他并没有有效维护中国足球与世界的关系，反而使中国足球的外部环境进一步恶化。如今，中国足球面临诸多问题，需要推翻重来。然而，这将给球员和球迷带来不可估量的损失。